生物安全柜的選擇需要根據所涉及微生物試驗品或產品的致命性，傳播媒介等因素，這些因素可劃分為一至四級生物安全水平（BSL）：

　　生物安全水平 致命性 媒介 可治愈性 范例

　　BSL-1 無或極低 液體 可以 BS*

　　BSL-2 一般 液體 可以 HIV

　　BSL-3 高 空氣 可以 TBC

　　BSL-4 *　空氣　不可　Ebola　

　　* Bacillus subtilis （草芽孢桿菌）

　　被分類為生物安全水平一級和二級的微生物試驗品或產品不會產生氣溶膠，因此在開放的實驗臺面上開展工作；而對于一些可能涉及或者產生有害生物物質的操作過程都應該在生物安全柜內進行，在這些條件下使用二級的生物安全柜。二級的試驗品或產品是可以通過液體傳播，所以操作人員必須對于污染的銳器要特別注意。客戶在選購安全柜時，也因注意確保沒有突出的銳角，在使用時也需要每天清理工作臺面。

　　在三級的生物實驗室中，所有與傳染源操作有關的步驟，都在二級或者三級生物安全柜中進行，并由穿戴合適防護服的實驗人員進行；對于四級，所有工作應限制在三級生物安全柜中；假若在二級生物安全柜中進行，必須使用裝備生命支持系統的一體正壓防護服。值得特別注意的是，當出現新型不明微生物時，也必須在四級生物安全防護實驗室中進行。待有充分數據后再決定此種微生物或毒素應在四級還是在較低級別的實驗室中處理。